Für die Verwirklichung seiner satzungsgemäßen Ziele ist der Verein auf die Unterstützung von regionalen Koordinierungszentren angewiesen. Seit vielen Jahren sind die sog. Regionalen MFM-Zentralen die sie tragenden Säulen des MFM-Programms. Sie repräsentieren das MFM-Programm vor Ort, sind die regionalen Informations- und Anlaufstellen für Schulen und andere Interessenten. Sie vermitteln die MFM-Angebote vor Ort, leiten die Anfragen weiter, erbringen Serviceleistungen und sorgen für die Betreuung und Qualitätssicherung der MFM-ReferentInnen in ihrer Region.
In Deutschland gibt es derzeit 13 regionale MFM-Zentralen, die sich in der Trägerschaft von katholischen (Erz)-Bistümern befinden. Im Aufbau befindlich bzw. ehrenamtlich geleitet sind die regionalen MFM-Zentralen in Mainz und Münster.